Kehadiran Ma’had al-Jami’ah di UIN Mataram tidak bisa dilepaskan dari cerita sukses (Succes Story) beberapa Ma’had al-Jami’ah dibeberapa Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) di Indonesia, seperti di UIN Malang, UIN Surabaya dan UIN Wali Songo.
Eksistensi Ma’had al-Jami’ah di beberapa perguruan tinggi keislaman ini juga tidak bisa dilepaskan dari kecendrungan integrasi ilmu pengetahuan di tingkat nasional setelah Indonesia mengalami pahitnya dikotomi ilmu pengetahuan yang ditinggalkan oleh kolonialisme barat.
Lembaga-lembaga pendidikan keislaman, baik menengah maupun tinggi mulai membuka asrama untuk pembinaan siswa atau mahasiswa untuk mengintegrasikan keunggulan pesantren dengan lembaga-lembaga pendidikan non pesantren. Dilingkungan Kementerian Agama, ide ini mulai terlihat implementasinya sejak Kementerian Agama di bawah pimpinan bapak Alm. Munawir Syadzali dengan program Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK), diteruskan oleh para menteri berikutnya dengan program MAN Insan Cendikia dan Ma’had al-Jami’ah di Perguruan Tinggi Islam, seperti UIN Malang.
Pembinaan ala pesantren semacam ini terasa efektif karena pembinaan dilakukan secara komprehensif, melekat dan berkesinambungan. Dalam konteks Ma’had al-Jami’ah, pembinaan yang menjadi primadona adalah pembinaan Tahfdiz al-Qur’an, Akhlaq Karimah, ilmu-ilmu keislaman dan bahasa-bahasa internasional (terutama Arab-Inggris).
Di UIN Mataram sendiri, ide pembentukan Ma’had al-Jami’ah sudah dimulai sejak era kepemimpinan Dr. H. Asnawi, MA. (Rektor IAIN Mataram Periode 2004-2009), gagasan ini menemukan jalan yang lebih lapang berkat bantuan Rusunawa (Rumah Susun disewa) empat lantai oleh Kementerian Perumahan Rakyat yang diperuntukkan sebagai asrama mahasiswa Ma’had al-Jami’ah. Pada era kepemimpinan Dr. H. Nashuddin, M.Pd (Rektor IAIN Mataram 2009-2014), tepatnya pada tanggal 14 Maret 2013, Ma’had al-Jami’ah resmi dibuka dan mulai melakukan aktivitas pembinaan, dilengkapi dengan satu bangunan tiga lantai yang diperuntukkan untuk asrama mahasantri putra, musholla dan kegiatan belajar mengajar.
Karena tuntutan dari kementerian pemberi bantuan, Ma’had al-Jami’ah dikelola oleh sebuah badan pengelola Ma’had al-Jami’ah yang terutama bertanggung jawab merawat bangunan Rusunawa. Namun, untuk efektivitas dan kelancaran proses belajar mengajar, tanggal 21 September 2013, rektor IAIN Mataram mengeluarkan SK pengangkatan Direktur Ma’had al-Jami’ah yang terutama bertanggung jawab untuk mengelola proses-proses akademik Ma’had al-Jami’ah.
Kini Ma’had al-Jami’ah sudah berjalan di tahun ke-9. Kegiatan pembelajaran di Ma’had al-Jami’ah sejauh ini berjalan dengan baik. Eksistensi Ma’had al-Jami’ah semakin dikenal dilingkungan UIN Mataram. Minat mahasiswa untuk menjadi mahasantri Ma’had al-Jami’ah bertambah dari tahun ke tahun. Para muallim yang berkualifikasi guru besar, doktor dan master dari dalam dan luar negeri tetap Istiqomah membimbing para mahasantri Ma’had al-Jami’ah. Fokus pembinaan Ma’had al-Jami’ah adalah Tahsin, Tahfidz, Tarjamah, Tafsir al-Qur’an (fourT4), Akhlaq Karimah, ilmu-ilmu keislaman dan penguasaan bahasa asing (Arab-Inggris).